Особенный момент в курсах по Рейки - инициация. В ней активизируется канал Рейки, позволяя свободный доступ к этой целительной энергии. В течение инициации, ученик сидит со сложенными ладонями напротив сердца, в большинстве случаев ощущая легкое и спокойное чувство покоя и любви, и поток энергии по всему телу, а иногда особенно по ладоням.

Инициация и практика Рейки, согласно системе Усуи, состоит из трех степеней или энергетическими уровней: 
Первый Уровень или Шодэн, значительно открывает исцеляющий канал средством «инициации» или «настройки», и придает человеку способность получать и передавать энергию, в особенности, на уровне физического тела, средством возложения рук на различные части тела.
Второй Уровень или Окудэн, предоставляет ученику три символа Рейки, которые являются ключами позволяющими жизненной силе действовать на более глубоком и тонком уровне, усиливая получение энергии и предоставляя ученику способность исцелять на ментальном и эмоциональном уровнях, кроме того, как исцелять на расстоянии.
Третий Уровень или у Шинпидэн имеет две ступени: на первой углубляется связь с энергией Рейки, позволяя Мастеру получить, плюс к предыдущим трем, два символа являющимся основными или мастер-символами, которые позволяют и работу на уровне сознания. Мастерство, или вторая ступень (Гокукаидэн), максимально увеличивает энергетический канал, позволяет Мастеру преподавать искусство Рейки и проводить инициации, а также, формировать других учителей согласно традиции Системы Усуи.

Инициация Первого Уровня - доступна всем, без ограничений, и не нуждается в предварительном опыте, ни в подготовке. На практике, инициация предоставляется в определенный день, и состоит из синтонизации, в которой отстраняются энергетические, физические, ментальные и эмоциональные блокады, а также активируются и уравновешиваются целительные силы. Выравниваются и гармонизируются чакры, освобождая таким образом ось энергетического обращения в тонких телах каждого человека. 

Когда течет Универсальная Энергия, иниицированный человек наполняется жизнью и энергией, распространяя свет, силу, любовь и исцеление. Жизненная сила предоставляет человеку, который ее получает, способность передавать ее через ладони рук (на самом деле и через ступни ног). Этот канал расширяется по мере его пользования, как для собственного исцеления, так и для исцеления других, не закрываясь уже никогда на протяжение всей жизни.

На Первом Уровне, после инициации и гармонизации, получают инструкции для использования энергии Рейки с возложением рук, показывая последовательность позиций рук для исцеления себя и последовательность позиций для исцеления пациента. Эти возложения рук покрывают все физическое тело, гармонизируя одновременно все тонкие тела. Практика этих последовательных позиций, после инициации, усиливает обучение и гарантирует совершенное теоретическое и практическое понимание процесса передачи энергии, а также позволяет практиканту действовать в качестве целительного канала.

Нет неправильного способа передачи энергии Рейки: она течет независимо от позиции рук и проникает в организм пациента без какого-либо вмешательства целителя и направляется по собственной инерции и в необходимом количестве, в ту часть тела, где больше потребность в ней. В действительности, инициированный человек вновь открывает забытую им способность служить сознательно принимающим каналом энергии. В процессе инициации он изучает искусство пребывать в молчании, действуя без действия. При завершении инициации, канал полностью открывается и связь с Жизненной Энергией может считаться настроенной; она неисчерпаема и неограничена, и теперь доступна на всю жизнь.

Первый Уровень – Шодэн

Первый Уровень Рейки действует более специфически на физическое тело, согласовывая организм с его метаболизмом, а особенно гормональные и иммунологические системы. Недавние иммунологические открытия отражают существование оперативной оси между мышлением и телом, как две полярности, соединенные в одной действительности.

Внутри эзотерического понимания энергетических тел, играют очень важную роль семь главных чакр, соответствуя каждый из них одной или больше гормональных желез, которые, через эндокринную систему, поддерживают в физическом теле тонкое равновесие: считается, что железы взаимодействуют с эфирным телом через чакры и тело является видимой частью души, а душа – невидимой частью тела. С этим целостным пониманием, очевидным для практикантов Рейки, можно понимать, что энергетическая тонкая неустойчивость на любом уровне, как последнее и более очевидное проявление, наносит ущерб физическому телу. Платон учил: «Глупо стремиться вылечить тело, не вылечив Душу».

Эти слова точно совпадают с утверждениями высказанными просветленными людьми на протяжение веков: есть состояние Сущности, которое содержит все Создание, и от которого произошла вся жизнь. Энергия этого состояния Сущности живет во всех вещах, и эта Универсальная Энергия то, что течет в сконцентрированной форме, через наши ладони, когда мы получаем и передаем Рейки, после первой инициации.

В практических терминах, это означает следующее: эффект Рейки – сугубо голлистический (целостный), он достигает все уровни существования, позволяя их полное уравновешивание. После инициации Рейки Первого Уровня Рейки, терапевт превращается в канал неограниченной энергии, которая протекает через него, когда он возлагает свои руки на человеке. Очень восприимчивые люди, с самого начала, часто ощущают принятую энергию как любовь.

Второй Уровень – Окудэн

Второй Уровень Рейки доступен для тех людей, которые прежде прошли Первый Уровень. Инициация в Окудэн включает специфические знания и использование трех символов Рейки, известные как: символ Силы, символ Света и символ Любви, которые увеличивают энергию и исцеляют физически, эмоционально и на расстоянии. Со Вторым Уровнем наша энергия становится более утонченной, увеличивается частота ее колебания, работая даже на бессознательном уровне, а также, с другой стороны делает доступными тонкие размерности сознания. Древние символы, которые были открыты Усуи Сенсеи, предоставляют ключи, для контроля связи причина-эффект между психическо-мыслительными обусловленностями и физическими симптомами. Без сомнения, в большинстве случаев, источник вреда скрывается в мышлении а, иногда, даже в духе.

Третий Уровень – Шинпидэн

Третьему Уровню Рейки обучают после периода практик соответствующих Второму Уровню. В Шинпидэн показываются два основных или мастер-символа, предназначенные для работы с сознанием и духом, расширения энергетического канала, ускорения исцеления болезней, а также, изучаются специальные техники, такие как кристалловые системы и астральная хирургия.

Мастерство – Гокукаидэн

Мастерство доступно примерно после года инициации в Первом Уровне и прохождения Второго, Третьего и их соответствующие практики. В Гокукаидэн максимально открывается энергетический канал и Мастеру открывается как инициировать других, показываются различные специальные техники исцеления. В Тибетско-Тантрической системе, кроме того, Мастеру даются дополнительные четыре символа.

Начало любой болезни – духовное, перед тем, как проявляться в физическом теле. Когда дух и мышление не синхронизированы, любая дисгармония или беспокойство предается всему организму, и начинают проявляться первые симптомы болезни. «Быть больным значит быть разъединенным от Всего... Если кто-то болен – означает, что потерял способность самоисцеления. Такой человек уже не осознает свой собственный источник исцеления. Тогда, целитель помогает ему присоединиться к своему источнику... Задача целителя – присоединять».

Рейки работает на всех физических, ментальных и духовных уровнях, а также внутри сознательного и подсознательного мышления всех человеческих существ, возвращая тело и разум в состояние гомеостаза и первоначального благосостояния. В обостренных случаях, это происходит очень быстро. При хронических болезнях, уравновешивание разных уровней происходит постепенно и, в этих случаях, оказывает большую помощь согласие больного сознательно участвовать в собственном исцелении, преобразовывая свое убеждение «быть больным» в положительную позицию, беря на себя ответственность за свое здоровье. Глубокое изменение позиции пациента решительным образом помогает процессу лечения. Сознательное решение и свободный выбор вылечиться, иногда саботированные бессознательными сопротивлениями, которые необходимо осознать, во многих случаях являются главным двигателем восстановления организма и последующего процесса исцеления. 

Рейки позволяет каждому человеку освободиться от собственного напряжения и от подавленных эмоций, предоставляя быстрый и эффективный способ удаления причин болезни. «Лечите причину и исчезнет эффект», обычно говорила г-жа. Таката.

Универсальная Сила Жизни такая могущественная и светлая, что целитель не поглощает личную энергию пациента, в отличие от большого количества методов телесной работы, где всегда нужно иметь в виду фактор реабсорбции, чтобы сознательно предотвращать, средством различных техник, передачу любой отрицательной энергии между пациентом и терапевтом. Целитель, через которого течет Рейки, также не может передавать другим свою негативность и напряжение, это – одно из больших преимуществ Рейки. Причина этого в том, что энергия течет по автономному каналу, независимого от энергетического поля целителя, что позволяет принимать и передавать Рейки в любом физическом и ментальном состоянии. Это является единственным исключением в мире целительства. Наоборот, энергия Рейки передается без какого-либо добровольного вмешательства, без необходимости концентрации или особенного состояния сознания целителя; всего лишь необходимо личное расположение целителя и пациента для того, чтобы передавать и получать эту энергию. Тем не менее, медитация и мысленное молчание, которым обучают во Втором Уровне, помогают расширять поток и прием Рейки и увеличивают экстрасенсорное восприятие.